Mitgliederversammlung und IAWR-Präsidium bestehen aus den Präsidenten und Geschäftsführern der Mitgliedsverbände.

Der Wissenschaftliche Koordinierungsausschuss (IAWR-Beirat) unterstützet das Präsidium und die Geschäftsführung. Er setzt sich aus Vertretern der wissenschaftlichen Beiräte der Mitgliedsverbände zusammen.

Der IAWR-Beirat kann zu einzelnen Fragestellungen aus den Bereichen Analytik, Biologie oder fachlichen Fragen der Wasserpolitik ad hoc Arbeitskreise bilden.

Mit der IAWR-Plattform Analytik verfügt die IAWR über einen Arbeitskreis zum Austausch über neue Messverfahren und neue oder noch nicht identifizierte Stoffe in Gewässern.

Die Arbeitsweise der IAWR ist in Statuten und einer Geschäftsordnung festgelegt.

"Die Besetzung der Ausschüsse und Arbeitsgruppen erfolgt durch Mitarbeit von Experten, die aus den Mitgliedsverbänden AWBR, ARW und RIWA-Rhein entsandt werden."